Terwijl het aantal Joden dat ‘ongebonden’ was inmiddels de tachtig procent benaderde, werd het palet van het georganiseerde jodendom ondertussen alleen maar veelkleuriger. De vooroorlogse situatie waarin de overgrote meerderheid in de boeken van het Nederlands Israëlitisch Kerkgenootschap stond geregistreerd, leek een ver verleden. Vanaf de jaren 1990 nam de religieuze geschakeerdheid aan Joodse stromingen met eigen gemeentes en synagoges alleen maar toe.
Zo begon in 1995 een handjevol enthousiastelingen met het organiseren van onafhankelijke synagogediensten, daarbij geïnspireerd door Amerikaanse homosynagogen. Het doel was om Joodse homoseksuelen een eigen spirituele plek te geven, waar zij volledig geaccepteerd zouden worden. Eerder al, vanaf 1980, had de vereniging Sjalhomo de emancipatie van Joodse LGBT’s ingezet en met uitbundige feesten zowel in de algemene homowereld als in Joods Nederland de aandacht getrokken. De initiatiefnemers wilden echter meer dan dat.
Al snel trokken de maandelijkse diensten ook heteroseksuelen die op zoek waren naar alternatieve Joodse tradities, veel aandacht voor spiritualiteit hadden en zich verwant voelden met de progressieve Amerikaans-Joodse Reconstructionist en Jewish Renewal bewegingen. Hierdoor verbreedde de nieuwe gemeente, Beit Ha’Chidush (huis van vernieuwing), zich al snel.
De gemeente, die vanaf 1997 in de historische Amsterdamse Uilenburgersynagoge bijeenkomt, bleef homo-emancipatie koesteren en organiseerde jaarlijks tijdens de Gay Pride een speciale Queer Shabbaton. Maar daarnaast wilde het ook andere progressieve vernieuwingen tot stand brengen. Zo werd besloten dat iedereen met ten minste één Joodse ouder zonder meer lid kon worden, terwijl iemand met één Joodse grootouder door een speciaal bevestigingsritueel opgenomen kon worden. De toelatingsnormen waren daardoor van meet af aan opener dan bij de orthodoxe en liberale gemeenten.
Veel aandacht trok de kleine gemeente met het aanstellen van de eerste vrouwelijke rabbijn in Nederland, Elisa Klapheck. Van 2005 tot 2009 leidde zij de gemeenschap en was zij het gezicht naar buiten. Intern werd een nieuw progressief gebedenboek en een eigen haggada geschreven. Na Klapheck volgden zowel bij Beit Ha’Chidush als ook bij de Liberaal Joodse Gemeenten verschillende andere vrouwelijke rabbijnen.
Naast Beit Ha’Chidush ontstonden ook andere onafhankelijke Joodse gemeenten, zoals bijvoorbeeld de Conservative of Masorti-gemeente in Weesp en de Deventer gemeente Beth Shoshanna. In veel gevallen zijn er sterke banden met internationale Joodse stromingen en wordt daardoor zichtbaar dat de vooroorlogse eigen Nederlands- Joodse identiteit gaandeweg is ingewisseld voor een nadrukkelijk internationaal profiel. Joods Nederland is daarmee voluit onderdeel geworden van de internationale, vooral Amerikaans-Joodse en Israëlische ontwikkelingen.