Met enige onderbreking sinds de Middeleeuwen, komt het aan het einde van de zestiende eeuw en het begin van de zeventiende eeuw opnieuw tot een Joodse presentie in de Lage Landen. Eerst waren het de Spaanse en Portugese ‘Nieuw Christenen’ of ‘Conversos’ die er vanuit het Iberisch Schiereiland neerstreken. Zij keerden er als zogenaamde ‘Nieuwe Joden’ (terug) tot het geloof van hun voorouders, die sinds het einde van de veertiende eeuw vrijwillig of gedwongen tot het christendom waren bekeerd. Uit het niets richtten deze Spaans-Portugese Joden of Sefardiem een gemeente op, die in principe uitsluitend bedoeld was voor leden van de Spaans-Portugese Joodse natie, a nação of la nación. Uit een andere richting, de Duitse gebieden en Polen, kwamen de Hoogduitse en Poolse Joden, de Asjkenaziem. Het zou het begin betekenen van meer dan vier eeuwen onafgebroken Joodse aanwezigheid in de Republiek en in het latere Koninkrijk der Nederlanden. Beide groepen beschouwden de jonge Republiek als een aantrekkelijke bestemming, nu die zich in een onafhankelijkheidsstrijd had los gevochten van de Spaanse Katholieke hegemonie. Niet alleen had het gewetensvrijheid in haar ‘grondwet’ vastgelegd. Een stad als Amsterdam ontwikkelde zich tot een wereldhandelscentrum met grote economische mogelijkheden voor nieuwe migranten.
De Republiek had geen ervaring met regulering van Joodse aanwezigheid in haar midden. De Staten van Holland en West-Friesland namen wel het initiatief tot een ontwerp van een Jodenreglement, maar die werd niet in praktijk gebracht. Tenslotte moesten de steden en dorpen in haar gewest het zelf maar uitzoeken, al mocht er geen onderscheidend teken worden opgelegd. Andere provinciën volgden dat voorbeeld. Iedere stad en gewest ontwikkelde zo via een reeks verordeningen een eigen beleid. Sommige verwelkomden Joden onder diverse voorwaarden, andere hielden hen buiten hun gebied. Het sloot nauw aan bij het Middeleeuwse natie-concept, waarbij de wettelijke positie van etnische minderheden was geregeld. Joden werden verantwoordelijk voor hun interne organisatie zoals armenzorg, onderwijs, ziekenzorg en de handhaving van rust en orde binnen hun gelederen. Daarnaast konden zij rekenen op steun en bescherming van de autoriteiten zonder dat hen een collectieve belasting werd opgelegd.
De afbakening van grenzen tussen de Joodse en niet-Joodse wereld was niet zo scherp als de verordeningen doen vermoeden. Er was nergens een getto. Joden en Christenen ontmoetten elkaar als buren en steeds vaker in de wereld van de handel en industrie, de wetenschap en de cultuur. Soms was van Christelijke zijde weliswaar sprake van anti-Joodse sentimenten, maar meer nog van grote verwondering en interesse in de Joodse cultuur.
De Gouden Eeuw, de zeventiende eeuw, was er ook voor haar Joden één van een bloeiend religieus, economisch, cultureel en sociaal bestaan. Het was ook een woelige periode, vol oorlogen en epidemieën. De furore rond de komst van de mystieke messias Sjabtai Tsvi maakte die tijd voor Joden nog schokkender. De Portugese en Hoogduitse synagogen, die in de zeventiger jaren van de zeventiende eeuw aan de Amsterdamse Muidergracht verrezen, getuigen evenwel van de triomf van stabiliteit en vertrouwen in de toekomst.