De vestiging van de Joodse gemeenschap ging gepaard met het zoeken naar grond, geschikt voor een begraafplaats. Omdat Joodse graven niet geruimd mogen worden, is een eigen begraafplaats erg belangrijk. In 1614 lukte het de Portugezen een stuk land in Ouderkerk aan de Amstel te verwerven, ondanks fel protest van buurtbewoners. De begraafplaats doet nog steeds dienst als laatste rustplaats voor leden van de Portugees-Joodse gemeenschap in Amsterdam. Er liggen ongeveer 27.000 mensen begraven.
De grafstenen laten de culturele diversiteit van de Portugese Joden goed zien en lijken niet allen te voldoen aan het ‘tweede gebod’ van de ‘Tien Geboden’: geen afbeelding van God te maken. De tekst op de grafstenen is in diverse talen gesteld (Portugees, Spaans, Hebreeuws, Latijn en Nederlands) en vaak voorzien van fraaie gedichten, beeltenissen en symboliek. Aanvankelijk werden op deze begraafplaats ook Hoogduitse Joden begraven en ook Joods dienstpersoneel vond er een laatste rustplaats.
De Hoogduits-Joodse gemeente was evenwel in 1642 al zo groot geworden dat zij een stuk land in Muiderberg aankocht. De in 1660 tot stand gekomen Pools-Joodse gemeente verwierf ernaast een eigen stuk grond, dat met de eenwording van de twee gemeenten in 1673 is samengevoegd. Tot vandaag toe is ook deze begraafplaats in gebruik en liggen er 45.000 mensen begraven. Om de Joden te gedenken, die in de Sjoa zijn omgekomen zijn er op begraafplaatsen als Ouderkerk en Muiderberg monumenten geplaatst.
Toch was niet elke Asjkenazische Jood een plaatsje op Muiderberg gegund. De reis vanaf Amsterdam, vaak per trekschuit, was lang en duur. In 1714 werd daarom in Zeeburg een begraafplaats aangelegd voor de armeren, die geen kerkbelasting konden betalen, en ook voor migranten en kinderen onder de dertien jaar. Daarnaast vonden Joden er hun laatste rustplek, als zij net voor de sjabbat of Joodse feestdagen kwamen te overlijden en een begrafenis op Muiderberg door tijdgebrek niet haalbaar was. Zeeburg groeide door de enorme immigratie van Asjkenazische Joden vanaf het begin van de achttiende eeuw tot de grootste Joodse begraafplaats van Nederland: tussen 1714 en 1942 zijn hier wel 95.000 mensen begraven. Toen Zeeburg vol was, kon in 1914 in Diemen een nieuwe begraafplaats worden ingericht. Na de oorlog werd een deel van die begraafplaats geruimd en raakte die door gebrek aan onderhoud verder in verval, met nog zo’n honderd resterende grafstenen. Vandaag zijn Ouderkerk, Muiderberg en Amstelveen (begraafplaats van de Liberaal-Joodse gemeente Amsterdam) de voornaamste begraafplaatsen die de Joodse gemeenten van Amsterdam bedienen, terwijl de ‘Stichting Eerherstel Joodse Begraafplaats Zeeburg’ hard werkt om de grootste Joodse begraafplaats van Nederland te restaureren en eer te bewijzen aan mensen die anders in de vergetelheid zouden raken.