Architect, aannemer en meestermetselaar Elias Bouman is de ontwerper van het Portugese synagogecomplex aan het tegenwoordige Jonas Daniël Meijerplein, dat in 1675 feestelijk werd ingewijd. Toeristen in die tijd vergaapten zich aan de schoonheid ervan en verbaasden zich over de openheid waarmee in de Republiek het jodendom beleden kon worden. Het fraaie synagoge-complex, dat ongedeerd de Tweede Wereldoorlog doorkwam, dwingt nog steeds bewondering af.
De Esnoga, zoals de Portugese synagoge in een Spaanse-Joodse versie ook wel wordt genoemd, is onverwarmd terwijl alleen honderden kaarsen voor licht zorgen. Het complex bevat naast het gebedshuis diverse ruimtes bestemd voor de verschillende functies van het Joods leven: zo is er de kamer van het bestuur (de Mahamad) en de wintersnoge: ooit deed die dienst als studieruimte voor de jesjiewa Ets Haim, maar nu wordt het vertrek, dat wel verwarmd kan worden, gebruikt voor diensten in de winter. Aangrenzend is de oudst nog functionerende Joodse bibliotheek ter wereld. Verder omvat het complex een kamer voor de chacham, woningen voor de chazzaniem (voorzangers) en de samaasim (kosters) en een ruimte ter beschikking gesteld voor de begrafenisvereniging Gemilut Hassadim. Er was ook ooit een lommerd of pandjesbank gevestigd. Verder dienden veel ruimtes als schoollokaal. De Portugese synagoge biedt plaats aan 1.200 mannen en 440 vrouwen. De Snoge stond model voor Spaans-Portugese synagogen elders in de wereld, zoals in Londen, Willemstad, Paramaribo en New York.
Iets eerder, in 1671, was aan de overkant de Hoogduitse Grote Synagoge ingewijd. Ook die synagoge is ontworpen door Elias Bouman, in samenwerking met stadsarchitect Daniel Stalpaert. Zij bood plaats aan 399 mannen en 368 vrouwen. Doordat de in 1660 afgescheiden Pools-Joodse gemeente zich in 1673 bij de Hoogduitse gemeente aansloot, was er blijkbaar behoefte aan meer ruimte. Toenemende immigratie noodde ook tot uitbreiding. Drie andere synagogen werden daarom aangebouwd: de Obbene Sjoel in 1685, de Dritt Sjoel in 1700 (verbouwd in 1778) en de Neie Sjoel in 1730, vernieuwd in 1752. De vier synagogen zijn uitgegroeid tot een complex, dat sinds 1987 als Joods Historisch Museum dienst doet. In 1766 volgde dan binnen de Jodenbuurt een vijfde Asjkenazische synagoge in de Uilenburgerstraat.
Met de vestiging van Joden in de diverse steden en dorpen van de Republiek werden ook buiten Amsterdam verschillende synagogen gebouwd. Aanvankelijk werden diensten in huissynagogen gehouden, net zoals het allereerste Joodse leven in Amsterdam vorm had gekregen. Later werden vaak grotere en kleinere synagogen gebouwd, zoals bijvoorbeeld de synagoge in Middelburg aan de Herenstraat in 1704 of de synagoge in Leeuwarden aan de Sacramentstraat in 1754. Zo ontstond een netwerk van synagogen, representatief voor Joods leven in de grote en kleine steden buiten Amsterdam. Sommige ervan zijn nog steeds te bezichtigen, al doen ze vaak niet meer dienst als synagoge.